21世纪(🌞)初，人类将多(duō )数人留(liú )在(🈴)被哥斯拉蹂躏的地球(🤲)上，仅(😍)使被选(xuǎn )中的人(rén )们(🥕)乘上恒星间移民(mín )船(chuán )·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定(dìng )之(🦇)地·τ星(🏻)e”。但这(zhè )(👪)一计(jì )划失败，人(rén )类(💹)只得(🐩)再(zài )度(😝)返回地(dì )球。而长(zhǎng )距离亚空间航(háng )行所(suǒ )引(yǐn )发的(de )时空歪曲，导致人类回到的地(📐)方变成(chéng )了“两万年后的地球”。在这个地(🎐)球，主人公(gōng )·(👗)晴(🎦)男等人(rén )在(zài )遭受哥(gē )斯拉袭击的(🤼)同时(📬)，与埃(āi )克西弗、比尔沙尔德(dé )两种族的(de )异星人共同(tóng )实(🔍)行(háng )谋划了(🚪)20年的“对哥斯拉战(✒)术”，通(tōng )过(guò )殊(🍾)死战斗成功击倒了哥(🏗)斯拉。
但喜悦并未持续多久，深藏(cáng )地(dì )下的真正哥斯拉“哥(gē )斯(sī )拉(🐞)·地球(🌥)”现身(shēn )了(💱)。两万(⚡)年间(jiān )持续(✒)成长生存(cún )(👆)、身高300米(🕝)、质量超过10万(wàn )(🍄)吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压(📑)倒性(xìng )的(🐖)破(pò )(😇)坏力面(miàn )前，晴男等(děng )人(👑)落花流水。
拯救了(🏻)晴男(🐢)的(💺)是(shì )被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米(mǐ )亚娜。弗(fú )图亚是(🛹)他们在这个(🧀)地球(⬇)首(🍵)次遇到(dào )的人型生命种(🐞)族。他们(➖)会是人类(🍁)的子孙吗——。“弗(🖱)图亚的(✒)神也被哥斯拉击破(pò )，如今只剩下卵。挑(🖐)战(zhàn )(📎)者、抗争(👼)者，全部(🔓)被火焰吞噬而消失了(🔥)”面对这样(yàng )的他们，晴男回(📲)应道“这(zhè )是以人类(🌳)的双手(🖇)夺(duó )回地球的(de )最后机会了”。
另一方面，比(🚪)尔沙(🏋)尔德(dé )的指(zhǐ )挥官(guān )·加(jiā )尔格，注意到(🈳)弗(fú )(🧥)图亚(⏳)使(shǐ )用的(🚳)箭头是由“自律思考金属体(tǐ )·纳米金属(🎠)”所(suǒ )制造而(🖲)欢喜(xǐ )。这和21世(🦒)纪他们在(zài )富(fù )士(🚍)山麓作(🍆)为(wéi )(📪)“对哥斯拉决战兵器(😁)”所(🌪)开发、在启动前遭到破(pò )(😳)坏(huài )的“机械哥(gē )(🎷)斯(sī )拉(lā )”由(🏋)同种物质所构成。这(👈)正是当(dāng )时的(de )开发(🚌)设备至今(😂)仍(🏅)然残(cán )存的(🤚)证(🗄)明——。